โรงเรียนวัดบางสะแกในในเริ่มก่อตั้งขึ้นเมื่อเดืิอนพฤษภาคม พ.ศ. 2474 ใช้ชื่อว่า
"โรงเรียนประชาบาลวัดบางสะแกใน"  สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ โดยใช้ศาลาการเปรียญ
วัดบางสะแกในเป็นห้องเรียน ต่อมาประชาชนร่วมกันบริจาคเงินจำนวน 40,000 บาท เพื่อปรับปรุงพื้นที่
ี่และมีความเป็น ดังนี้
          * ปี พ.ศ. 2501 เทศบาลนครธนบุรีสร้างอาคารไม้ 1 หลัง
          * ปี พ.ศ. 2508 ได้งบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการ สร้างอาคาร 3 ชั้น 1 หลัง (อาคารปัจจุบัน)
          * ปี พ.ศ. 2516 โอนมาสังกัดกรุงเทพมหานคร ใช้ชื่อว่า "โรงเรียนวัดบางสะแกใน"
          * ปี พ.ศ. 2526 - 2527 ได้สร้างอาคาร 4 ชั้น เพิ่มอีก 2 หลัง (อาคาร 2 และ อาคาร 3 ปัจจุบัน)
          * ปี พ.ศ. 2534 กรุงเทพมหานครได้สร้างอาคารเรียนตึก 4 ชั้น 12 ห้องเรียน ในบริเวณที่ซื้อใหม่
่             เป็นอาคารเรียนหลังที่ 4 ในปัจจุบัน
          * ปี พ.ศ. 2544 นายอำนวย  ส่งสมบูรณ์ ได้บริจาคที่ดินด้านหลังติดต่อกับที่ดินเดิม เป็นจำนวน 3 งาน
             55 ตารางวา  ประมาณราคา 3,017,500 บาท
           ปัจจุบันโรงเรียนวัดบางสะแกใน  สังกัดกรุงเทพมหานคร ตั้งอยู่เลขที่ 1587  ถนนริมทางรถไฟ
แขวงตลาดพลู  สำนักงานเขตธนบุรี  กรุงเทพมหานคร  มีพื้นที่  5 ไร่ 3 งาน 15 ตารางวา (เป็นพื้นที่
ี่วัดบางสะแกใน 2 ไร่ 20 ตารางวา  เป็นของกรุงเทพมหานคร 3 ไร่ 2 งาน 95 ตารางวา)
ื          สภาพของชมชน โรงเรียนตั้งอยู่ในพื้นที่ชั้นใน ที่มีประชากรค่อนข้างหนาแน่น อาชีพส่วนใหญ่
ของผู้ปกครอง  คือ รับจ้างและค้าขาย